לאחר אכלוסן של כ–2000 דירות בשכונה, הקמת בית הספר מיתרים, שמונה גני ילדים, שני מעונות יום ובית כנסת, הגיע תורו של המרכז המסחרי בנאות אפק.
על פי התכנון, המרכז המסחרי בנאות אפק יעמוד על תילו בתוך כשנתיים. הוא יתפרש על שטח של כ-6 דונם בהצטלבות הרחובות נעמי שמר ויגאל בשן, קרוב לכניסה הדרומית לשכונה.
המרכז המסחרי יתנשא לגובה של ארבע קומות, כאשר שתי הקומות הראשונות הן קומות המסחר ושתי הקומות העליונות הן קומות המשרדים. בראייה אדריכלית, המרכז תוכנן כך שיהווה מוקד משיכה לתושבי השכונה עם נגישות מרבית להולכי רגל, רוכבי אופניים ואימהות עם עגלות ילדים. קומת החנייה התת קרקעית תכיל 105 מקומות חנייה. קומת המסחר הראשונה תשתרע על שטח של 1750 מ"ר, ואילו קומת המסחר השנייה על 1500 מ"ר. קומות המשרדים יהיו בשטח של 1800 מ"ר כל אחת.
שטחי התעסוקה והמסחר יכללו שימושים מגוונים, כגון סופרמרקט, בתי קפה, קופת חולים, מסעדות ומשרדים של חברות ובעלי מקצועות חופשיים.
גג הבניין אף הוא יהיה פונקציונאלי וישמש לפעילות אקטיבית תחת כיפת השמיים, לבתי קפה באוויר הפתוח ולשימושים נוספים. לפיכך, המעליות יגיעו עד גג הבניין, וכך תתאפשר גם נגישות לבעלי צרכים מיוחדים.
יזמית המרכז המסחרי החדש היא חברת סלע בינוי. אדריכל הפרויקט הוא גיא ארבל מחברת אורן מ.א.ז. אדריכלים בע"מ. המרכז נמצא בשלב של תכנון מפורט לפני הגשת התוכנית לוועדה המקומית. הצפי להשלמת העבודות: שנת 2022.
ראש העירייה, אלי דוקורסקי: "בתכנון שכונת נאות אפק השקענו מחשבה רבה, כאשר רצוננו הוא שהתושבים יקבלו את כל השירותים בשכונת מגוריהם בקרבת ביתם. לאחר הקמת מוסדות החינוך, אנו מקדמים גם את שירותי התעסוקה והמסחר".