כמו בשנים קודמות מיד עם תחילת מסיק הזיתים בחודש נובמבר, מפנים תושבי הרשות הפלשתינאית מטול כרם והסביבה את השפכים של בתי הבד ליצור שמן זית אל נחל שכם וממנו לנחל אלכסנדר. השפכים גרמו לזיהום חמור בנחל ותמותת דגה בשפכו אל הים בסמוך לבית ינאי. הפלסטינים אינם פועלים לטיהור השפכים הזורמים משטחם, כך שהשפכים התעשייתיים בעיקר תעשיית בתי בד והשפכים הביתיים אשר זורמים בנחל שכם הינם שפכים מזוהמים המכילים חומרים כימיים.
מנכ"ל רשות ניקוז ונחלים שרון, ניסים אלמון: "העקר של הזיתים מגיע כל שנה בעונה הזאת. כדי להבין את הנזק ואת האסון שגורם החומר הזה שנוצר במהלך הכנת שמן הזית, יודגש כי כמות קטנה שלו היא שוות ערך לביוב של עיר ובה 100 אלף תושבים".
לפני שנה פנה ראש המועצה האזורית עמק חפר, רני אידן, המכהן כיו"ר רשות ניקוז ונחלים שרון, לראש הממשלה, בנימין נתניהו בבקשה כי יורה בדחיפות לאשר את הקמת המתקן לטיפול בשפכי הרשות הפלסטינית הזורמים דרך נחל שכם לנחל אלכסנדר ומזהמים את מימיו. פנייתו של אידן נעשתה לאחר שבעקבות השפכים שהוזרמו על ידי הפלשתינים הוצף הנחל בדטרגנטים, קצף ושמנים מאות דגים מתו, חוף ינאי נסגר והררי קצף זרמו מן המזרח. מאז הושג הסכם בו התחייבה המדינה לתקצב 260 מליון שקלים לצורך התקנת מתקן טיהור חדש.
ובינתיים, במאמציה להקטין נזקים התקינה מועצת עמק חפר סכרים ומשאבות לשאוב את פסולת בתי הבד. אך עם התחזקות הזרימה בנחל כתוצאה מהגשמים הסכרים והמשאבות לא מצליחים לעצור את זרימת הפסולת הרעילה לנחל וביחד אתו אל הים. לדברי ראש המועצה הפתרון היחיד לבעיית השפכים הוא הקמת מכון לטיהור השפכים של הרשות בשטח המדינה.
ממועצת עמק חפר נמסר בתגובה: "כבר נבחרה חברת ניהול לפרויקט ויצא מכרז בינלאומי לתכנון, מדובר בפרויקט בסדר גודל שמעטים כמוהו בארץ. ההערכות הן שייקח עוד כארבע שנים עד שיקום המכון החדש. עד אז הדרך היחידה להתמודד עם הנזק העצום שנגרם לנחל מדי שנה הוא מניעת הזרמת העקר לנחל וזאת רק באמצעות שיתוף פעולה בין הרשות הפלשתינית והמנהל האזרחי".
